Segmentação. O começo do processo embrionário consiste na divisão mitótica do zigoto, que dá origem a duas células que voltam a dividir-se. O processo se repete à medida que aumenta o número de células (2, 4, 8, 16...) até formar uma densa esfera de células, a mórula. O resultado final desse processo, chamado segmentação, é o estado da blástula (nos mamíferos, blastocisto), formada por um conjunto de células denominadas blastômeros e que normalmente contêm uma cavidade, o blastocele (lecitocele nos mamíferos).

Gastrulação. O estado da blástula dá lugar a outro mais desenvolvido, o da gástrula, mediante o processo chamado gastrulação, em que se formam as três camadas celulares fundamentais dos embriões dos animais superiores: o ectoderma na parte externa, o endoderma na interna e o mesoderma entre ambas. Durante a gastrulação, desaparece o blastocele (se existia) e forma-se uma nova cavidade, o arquêntero, que dará lugar ao intestino do animal. O arquêntero comunica-se com o exterior por um orifício dito blastóporo, onde têm origem a boca do animal (nos protostomados) e o ânus (nos deuterostomados).
O ectoderma e o endoderma podem formar-se mediante diferentes mecanismos, os mais comuns dos quais são a embolia, em que uma parte da blástula se invagina e cresce até entrar em contato com a parte não invaginada, e a epibolia, em que uma parte da blástula cresce e recobre o resto. Uma vez formados o ectoderma e o endoderma, o mesoderma origina-se a partir das células de um deles ou de ambos.